Az önállósodás nem ment feszültségek nélkül. A kecskeméti gyülekezet küldöttsége 1996-ben az orgoványi testvérek elé tárta, hogy szeretnék, ha a jövőben Orgovány helyett Kecskemét lenne a körzetközpont. Finoman próbáltak utalni rá, hogy az eltelt években, évtizedekben végbement változások következtében a kecskeméti gyülekezet megerősödött, létszámban is megnőtt, így képes és kész vállalni a körzetközpont feladatait. Hangsúlyozták, hogy égetően szükségük van egy helyben lakó lelkipásztorra.
Az orgoványiak nem akarták elfogadni ezt a változtatást. Ez két ok miatt érthető is. Egyrészt nem ismerték a kicsiny házi csoportból észrevétlenül erős közösséggé fejlődött gyülekezetet, másrészt sértette az önérzetüket, hogy az egykor Orgoványhoz képest jelentéktelen gyülekezet hogyan gondolja elvenni a lelkipásztor helyben lakásának privilégiumát. Hangot is adtak ennek oly módon, hogy „amikor segíteni kellett, akkor jó volt Orgovány, most hogy már elboldogulnak maguk is, még a lelkipásztort is elvinnék.”
Az orgoványiak el sem tudták képzelni azt a számbeli és közösségi szemléletben történt változást, amelyen a kecskeméti gyülekezet 10-15 év alatt szép csendben átesett. Mit sem tudtak arról az Úrtól jövő fejlődésről, a testvéri szeretet és bizalom légkörének kialakulásáról, amely az Ő kezében egy ütőképes csapattá tette az egyébként még ekkor sem jelentős nagyságú gyülekezetet. Nem csoda, ha az orgoványi testvérek nem értették ezt meg, hiszen ritka jelenség volt ez a baptista egyházban.
A kecskeméti önállóságot tehát még ekkor sem elsősorban a létszámuk indokolta, hanem az aktivitásuk, tenni akarásuk, mely állandó lelkipásztori jelenlétet követelt meg.
1996-ban új korszak kezdődött a kecskeméti gyülekezet történetében. Mivel az orgoványiak kitartottak a körzet-központi szerepük mellet, a kecskemétiek kimondták önállósodásukat Orgoványtól, és Kovács Géza vezetésével erőteljes misszióba kezdtek. Hamarosan meredeken felfelé ívelő szellemi élet alakult ki. Géza bácsi kilenc éves rendkívül intenzív szolgálata alatt a gyülekezet valósággal összeforrt pásztorával.